Seguindo a resposta de Paul Betts no fórum de discussão do Atom, funcionou perfeitamente no Windows10 Home.

Depois da instalação normal, siga a dica de 3 passos abaixo:

1. Rode no Terminal Windows:
   %LocalAppData%\Atom\app-VERSION\atom.exe --squirrel-uninstall VERSION
   Onde a versão instalada do Atom deve substituir a palavra VERSION.
   Um exemplo real/prático:
   %LocalAppData%\Atom\app-1.43.0\atom.exe --squirrel-uninstall 1.43.0

2. Mova a pasta do Atom, localizada em %LocalAppData%\Atom para onde você gostaria que ela ficasse.

3. Rode novamente o instalador do Atom com o comando abaixo, mas lembrando de colocar o drive e o novo local da instação:
   C:\NOVO\LOCAL\Atom\app-VERSION\atom.exe --squirrel-install VERSION
   Lembrando de substituir a palavra VERSION pela versão da instalação.

Segundo o autor, a atualização automática também funcionará no novo local.

Detalhe: No meu Windows10 a pasta original de instalação do Atom estava com o nome em minúsculo:atom. Quando movi a pasta para o novo local, eu alterei para Atom e funcionou normalmente.

O link para a resposta de Paul Betts no Fórum dp Atom:
How to install Atom on windows to other places instead of C:\?